<div dir="ltr">Dobry wieczór,<div><br></div><div>Obiecane linki dotyczące AlphaFold2:</div><div><br></div><div>Wyniki, które tak zelektryzowały świat - <a href="https://predictioncenter.org/casp14/zscores_final.cgi">https://predictioncenter.org/casp14/zscores_final.cgi</a></div><div>Abstrakt z CASP14 - tutaj mozna znaleźć zarys metodologii <a href="https://predictioncenter.org/casp14/doc/CASP14_Abstracts.pdf">https://predictioncenter.org/casp14/doc/CASP14_Abstracts.pdf</a></div><div>Post na blogu o obecnej sytuacji i dalszych wyzwaniach w nauce <a href="https://aloshbau.medium.com/decades-of-turbo-charged-biotech-advances-could-follow-deepminds-game-changing-alphafold-algorithm-34f54686e702">https://aloshbau.medium.com/decades-of-turbo-charged-biotech-advances-could-follow-deepminds-game-changing-alphafold-algorithm-34f54686e702</a></div><div>Nie może zabraknąć Nature - <a href="https://www.nature.com/articles/d41586-020-03348-4">https://www.nature.com/articles/d41586-020-03348-4</a></div><div><br></div><div>Na oficjalne publikacje niestety musimy jeszcze trochę poczekać.</div><div><br></div><div>Do zobaczenia na styczniowym seminarium!</div><div><br></div><div>Joanna Macnar</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">wt., 15 gru 2020 o 13:38 Anna Ajduk <<a href="mailto:aajduk@biol.uw.edu.pl">aajduk@biol.uw.edu.pl</a>> napisał(a):<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>
<div>
<p>Szanowni Państwo,</p>
<p>Mały update:</p>
<div><span style="text-decoration:underline">Tytuł czwartkowej prezentacji:</span> Czy jakość jeszcze ma znaczenie? <em>Data mining</em> w biologii strukturalnej na przykładzie modeli makromolekuł</div>
<div><span style="text-decoration:underline">Abstrakt:</span> Informacje strukturalne o kompleksach ligand-makrocząsteczka mają kluczowe znaczenie dla nauk biomedycznych, zwłaszcza dla odkrywania leków w oparciu o strukturę, i bioinformatyki strukturalnej. Większość danych doświadczalnych na temat białek skompleksowanych z ligandami pochodzi z krystalografii rentgenowskiej. Podczas seminarium wspólnie przyjrzymy się wpłowi nowych żródeł promieniowana na jakość deponowanych w PDB struktur, a także sprawdzimy jak czas pandemii wpłynął na otrzymywane modele białek.</div>
<div>Do zobaczenia w czwartek,</div>
<div>AA</div>
<p>On Sun, 13 Dec 2020 20:18:45 +0100, Anna Ajduk wrote:</p>
<blockquote type="cite" style="padding-left:5px;border-left:2px solid rgb(16,16,255);margin-left:5px;width:100%">
<p>Szanowni Państwo,</p>
<p>Przypominam o czwartkowym seminarium na Zoomie.</p>
<p>Link:</p>
<pre>Join Zoom Meeting<br><a href="https://us02web.zoom.us/j/81886781896" target="_blank">https://us02web.zoom.us/j/81886781896</a><br><br>Meeting ID: 818 8678 1896<br><br></pre>
<p><span style="text-decoration:underline">Prelegent</span>: <strong>Joanna Macnar</strong></p>
<p><span style="text-decoration:underline">Tytuł i abstrakt</span>: TBA - <strong>Pani Joanno, proszę o ich przesłanie jak najszybciej, najlepiej do jutrzejszego wieczora.</strong> </p>
<p>Do zobaczenia,</p>
<p>Anna Ajduk</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>On Tue, 17 Nov 2020 17:41:52 +0100, Anna Ajduk wrote:</p>
<blockquote style="padding-left:5px;border-left:2px solid rgb(16,16,255);margin-left:5px;width:100%">
<p>Szanowni Państwo,</p>
<p>Przypominam o czwartkowym seminarium na Zoomie.</p>
<p><span>Link</span>: <span><a href="https://us02web.zoom.us/j/84689357887?pwd=Vk1PVTVTLytZQTI2MTdta0UxUzVhZz09" target="_blank">https://us02web.zoom.us/j/84689357887?pwd=Vk1PVTVTLytZQTI2MTdta0UxUzVhZz09</a></span></p>
<p><span>Prelegent</span>: Michał Ciach</p>
<p><span>Tytuł:</span> Zastosowanie teorii optymalnego transportu do porównywania widm masowych</p>
<p><span>Abstrakt</span>: Algorytmy stosowane do przetwarzania i analizy widm masowych często opierają się na określaniu podobieństwa pomiędzy dwoma widmami. Na ogół robi się to poprzez porównanie intensywności sygnałów odpowiadających tym samym masom. Moje badania dotyczą porównywania widm w taki sposób, aby uwzględnić drobne różnice w położeniach sygnałów wynikające z niedokładności pomiarowych. Zaproponowane podejście opiera się na teorii optymalnego transportu: dwa widma są tym bardziej podobne, im mniej zniekształceń należy wprowadzić w jedno z nich, aby przekształcić je w to drugie. Opracowane algorytmy, oparte na teorii optymalnego transportu, stosuję do analizy danych pochodzących z eksperymentów obrazowania spektrometrycznego.</p>
<p>Do zobaczenia,</p>
<p>Anna Ajduk</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>On Mon, 09 Nov 2020 12:43:08 +0100, Anna Ajduk wrote:</p>
<blockquote style="padding-left:5px;border-left:2px solid rgb(16,16,255);margin-left:5px;width:100%">
<p>Szanowni Państwo,</p>
<p>Przypominam o seminarium MISDoMP w przyszły czwartek, 19 listopada. O swoich badaniach opowie Michał Ciach.</p>
<p>Panie Michale, do przyszłego poniedziałku czekam na tytuł prezentacji i 1-2 zdania opisu.</p>
<p>Zgodnie też z Państwa zyczeniem, seminarium odbędzie się tym razem na Zoom, poniżej wklejam zaproszenie z linkiem.</p>
<p>Pozdrawiam,</p>
<p>AA</p>
<pre>Anna Ajduk is inviting you to a scheduled Zoom meeting.<br><br>Topic: Seminarium MISDoMP<br>Time: Nov 19, 2020 05:00 PM Warsaw<br><br>Join Zoom Meeting<br><a href="https://us02web.zoom.us/j/84689357887?pwd=Vk1PVTVTLytZQTI2MTdta0UxUzVhZz09" target="_blank">https://us02web.zoom.us/j/84689357887?pwd=Vk1PVTVTLytZQTI2MTdta0UxUzVhZz09</a><br><br>Meeting ID: 846 8935 7887<br>Passcode: 169037<br>One tap mobile<br>+48223987356,,84689357887#,,,,,,0#,,169037# Poland<br>+48223065342,,84689357887#,,,,,,0#,,169037# Poland<br><br>Dial by your location<br> +48 22 398 7356 Poland<br> +48 22 306 5342 Poland<br> +48 22 307 3488 Poland<br>Meeting ID: 846 8935 7887<br>Passcode: 169037<br>Find your local number: <a href="https://us02web.zoom.us/u/kcQX79LznW" target="_blank">https://us02web.zoom.us/u/kcQX79LznW</a><br><br><br></pre>
<p> </p>
<p><span style="white-space:pre-wrap">-- </span></p>
<div>
<pre>*********************************************************************
Anna Ajduk, PhD DSc
Reproductive Biology Group
Department of Embryology
Institute of Developmental Biology and Biomedical Sciences
Faculty of Biology, University of Warsaw
Miecznikowa 1
02-096 Warsaw, POLAND
tel. (48 22) 5541212
fax. (48 22) 5541210
e-mail: <a href="mailto:aajduk@biol.uw.edu.pl" target="_blank">aajduk@biol.uw.edu.pl</a>
*********************************************************************</pre>
</div>
</blockquote>
<div>
<pre>--
*********************************************************************
Anna Ajduk, PhD DSc
Reproductive Biology Group
Department of Embryology
Institute of Developmental Biology and Biomedical Sciences
Faculty of Biology, University of Warsaw
Miecznikowa 1
02-096 Warsaw, POLAND
tel. (48 22) 5541212
fax. (48 22) 5541210
e-mail: <a href="mailto:aajduk@biol.uw.edu.pl" target="_blank">aajduk@biol.uw.edu.pl</a>
*********************************************************************</pre>
</div>
</blockquote>
<div>
<pre>--
*********************************************************************
Anna Ajduk, PhD DSc
Reproductive Biology Group
Department of Embryology
Institute of Developmental Biology and Biomedical Sciences
Faculty of Biology, University of Warsaw
Miecznikowa 1
02-096 Warsaw, POLAND
tel. (48 22) 5541212
fax. (48 22) 5541210
e-mail: <a href="mailto:aajduk@biol.uw.edu.pl" target="_blank">aajduk@biol.uw.edu.pl</a>
*********************************************************************</pre>
</div>
</blockquote>
<div>
<pre>--
*********************************************************************
Anna Ajduk, PhD DSc
Reproductive Biology Group
Department of Embryology
Institute of Developmental Biology and Biomedical Sciences
Faculty of Biology, University of Warsaw
Miecznikowa 1
02-096 Warsaw, POLAND
tel. (48 22) 5541212
fax. (48 22) 5541210
e-mail: <a href="mailto:aajduk@biol.uw.edu.pl" target="_blank">aajduk@biol.uw.edu.pl</a>
*********************************************************************</pre>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Doktoranci-misdomp mailing list<br>
<a href="mailto:Doktoranci-misdomp@fuw.edu.pl" target="_blank">Doktoranci-misdomp@fuw.edu.pl</a><br>
<a href="http://tempulin.fuw.edu.pl/mailman/listinfo/doktoranci-misdomp" rel="noreferrer" target="_blank">http://tempulin.fuw.edu.pl/mailman/listinfo/doktoranci-misdomp</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(38,50,56)">Ph.D. candidate</span><br></div><div><font color="#263238">College of Inter-Faculty Individual Studies in Mathematics and Natural Sciences </font></div><div><span style="color:rgb(38,50,56)">& Laboratory of Theory of Biopolymers</span><br></div><div><font color="#263238">University of Warsaw</font></div><div><span style="color:rgb(38,50,56)"><br></span></div><div><span style="color:rgb(38,50,56)">Pasteura 1, room 144<br>02-089 Warsaw, Poland</span><br></div><div><span style="color:rgb(38,50,56)">tel: </span><span style="color:rgb(38,50,56)">(+48) 22 55 26 364</span><br></div></div></div></div></div></div></div>